Заповедник создан, в первую очередь, для охраны природных территорий в целях сохранения биологического разнообразия и поддержания в естественном состоянии охраняемых природных комплексов и объектов; организации и проведения научных исследований, включая ведение Летописи природы как элемент экологического мониторинга; немаловажной функцией его является экологическое просвещение и познавательный туризм. На страже сохранения уникальной природы Тоджинского кожууна работают люди, уважающие природу родного края и бережно сохраняющие ее богатства для потомков. Это 5 отделов: охраны, научный, экологического просвещения, бухгалтерского учета и отчетности, обеспечения основной деятельности.