Федеральное агентство по рыболовству осуществляет свою деятельность непосредственно, через свои территориальные органы, представительства и представителей за рубежом и подведомственные организации во взаимодействии с другими федеральными органами исполнительной власти, органами исполнительной власти субъектов Российской Федерации, органами местного самоуправления, общественными объединениями и иными организациями.

Федеральное агентство по рыболовству (Росрыболовство) является федеральным органом исполнительной власти, осуществляющим функции:по федеральному государственному контролю (надзору) в области рыболовства и сохранения водных биологических ресурсов во внутренних водах Российской Федерации, за исключением внутренних морских вод Российской Федерации, а также Каспийского и Азовского морей до определения их статуса, федеральному государственному контролю (надзору) в области торгового мореплавания и внутреннего водного транспорта в части обеспечения безопасности плавания судов рыбопромыслового флота в районах промысла при осуществлении рыболовства;

по оказанию государственных услуг, управлению государственным имуществом в сфере рыбохозяйственной деятельности, охраны, рационального использования, изучения, сохранения, воспроизводства водных биологических ресурсов и среды их обитания, а также аквакультуры (рыбоводства), производства рыбной продукции, обеспечения безопасности плавания судов рыбопромыслового флота и аварийно-спасательных работ в районах промысла при осуществлении рыболовства, а также в сфере производственной деятельности на судах рыбопромыслового флота и в морских портах в отношении морских терминалов, предназначенных для комплексного обслуживания судов рыбопромыслового флота.

Федеральное агентство по рыболовству осуществляет свои полномочия в установленных законодательством Российской Федерации случаях на территории Российской Федерации, в исключительной экономической зоне и на континентальном шельфе Российской Федерации, а также в случаях, предусмотренных международными договорами Российской Федерации, на территориях иностранных государств и в открытых районах Мирового океана.